En entornos como Docker o Portainer es importante mapear las rutas de datos (en este caso el lugar donde se guarda la configuración y la base de datos) fuera del contenedor. Así, cuando actualizas el contenedor, esos datos no se pierden.
Quizá es por eso que ahora tienes "una instalación limpia". A mi me pasó lo mismo y perdí un mes de datos. Nada grave y así se aprende...