Que la BMS conozca los extremos de SOC, en especial <5% y >99%, le viene muy bien para su calibrado.
Pero incluso estando descalibrada, no hay una pérdida de kWh real.
En cambio, si la batería está desbalaceada, algo que se corrige solamente dejando dormir al coche al 99% o 100%, la pérdida de capacidad es real. Reversible si se balancea la batería, pero mientras esté desbalaceada la batería admite menos energía.
Descargando hasta el 4% y luego cargando hasta el 100%, si has dejado el coche dormir 3-4 horas en cada uno de esos dos SOCs, realizaste un ciclo de calibrado y uno de balanceado, de ahí la diferencia que el coche te muestra en pantalla.