El precio que ves en la lista de CPO de cualquier país es siempre final, por lo que no tienes que añadirle nada a la hora de la compra (otra cosa serán los costes de la importación en cada caso). En el caso de España, lo que significa el IVA no deducible normalmente es que el coche no está a nombre de una empresa sino de un particular y por lo tanto cuando lo compras no se te factura con IVA y si eres una empresa o profesional no te lo puedes deducir, por que no lo hay. (No te puedo decir qué tratamiento tiene en ese caso el pago del impuesto de transmisión, 4% en España, que es el que debe pagarse en caso de transferencia de vehículos entre particulares, si lo compras el vehículo fuera ya que no es mi caso, pero creo que lo han comentado por aquí ya)
Supongo que en el resto de países que tienen CPO será por el mismo motivo.
En definitiva, si tienes pensado comprar el vehículo como particular y no como coche de empresa o coche para uso profesional, no hay ninguna diferencia en que el IVA sea deducible o no.