Pues mira, justo yo estuve en tu tesitura hace unos 3 meses

Fui padre hace algo más de 1 año y con opción de ampliar la familia en el futuro y se me generó la duda de por cual tirar Model Y o Model 3.
Ambos tienen un buen maletero, el del Model Y es superior por supuesto pero es que el Model 3 te cabe: carrito + silla ligera + maletas, hay que jugar un poco al tetris pero caber, caben (El maletero delantero te da la vida para los enseres del niño y el maletero trasero para carro + vuestras cosas). Obviamente en el Model Y es más cómodo al haber más espacio, pero considero más que suficiente para una familia con 2 niños.
Lo de la altura para colocar a los niños en los asientos traseros, pues si que es más cómodo en el Model Y pero yo que venía de una berlina (Avensis) no he notado diferencia y no me supone un handicap.
Diferencia de precio: cuando a mi me lo ofrecieron el Y, había unos 2000€ de diferencia (40 el M3 y 42 el MY en número redondos)
En mi caso, como el maletero del M3 ya me cumplía (porque es grandioso aunque no lo parezca) y montar al crío no me es problema, aunque me tenga que agachar un poco, estéticamente le concepto del M3 me pareció mucho más deportivo y el hecho del Restyling hacía, para mi, que la diferencia entre acabados y prestaciones fuera muy diferente respecto al MY. Por lo cual acabé decantándome por el M3.
Ahora bien, si en tu caso eres de cargar muchas maletas o primas el ir más elevado del suelo con las ventajas que ofrece (y sus ligeras desventajas) pues 2000€ es atractivo como para lanzarse a por el MY.
Bonus track: Tengo una sillita de coche Axkid Move, que es bastante grande y me cabe perfectamente en el asiento de atrás dejándome los otros dos libres y el carrito es una Inglesina Electa que no es de los más grandes pero que tampoco es pequeño. Si puedo, mañana te mando foto del maletero con el carrito.
Saludos