Muchos dicen que si quieres espacio vayas al Y, pero son igual de anchos e igual de largos, por lo que tienen los mismos m2 interiores (o muy similares). Lo si tienen es más altura interior, y espacio debajo de los asientos, pero yo no suelo meter maletas ni nada encima de la cabeza ni debajo de los pies, así que el único espacio extra útil para mí es el cajón del asiento.
Por otro lado, el Y es 5 puertas, y el 3 es 4 puertas, según lo que quieras meter, en el 3 es imposible.
Si eres alto si que notarás diferencia de uno al otro, sobre todo en verano, ya que en el 3 la cabeza te quedará muy cerca del techo, y se pone a 70ºC

.
Por altura libre hasta el suelo, pese a ser el Y un SUV están muy a la par, no sería algo que me hiciera elegir entre uno y otro.
Mi opinión es que si mides más de 1,80m o metes objetos muy grandes en el maletero, vayas al Y, y sino vayas al 3, más rápido, menos consumo, más elegante, y ahora renovado (las no-palancas no me gustan, pero el asiento ventilado y pantalla trasera lo compensan).